在临床治疗方面，杨恩来教授的治疗特点是“求其本、治其源、疗其疾”，采用中医内外联治法。通过内调治疗高血糖、高血脂、高血压、髙尿酸、心梗、脑梗等疾病。治疗方法：五脏平衡与三焦通利法；以“中药、食疗、药膳、泻毒与气功”为主。通过外治，治疗颈、肩、腰、腿疼痛性疾病及脊柱侧弯等形体疾病。治疗方法：通顺经络，灵活关窍法：以“中药、针灸、小针刀、手法复位为主”。他的排除体内“气毒、湿毒、血毒、痰毒、肠毒”五积之毒的方法独特而系统，深得患者好评。杨恩来教授擅长调理女性病症， 如急性乳腺炎、乳腺增生、产后摧乳，多以“中药、针灸、推拿手法”为主。在无创伤治法（力学效应调理法、热源性疗法、自调节效应调理法）中创立了很多方法，并有著作。

在师承教学方面，杨恩来教授的特长主要表现在以下几个方面：第一，擅长辨证论治。在中医经典的基础上，结合现代医学的理论和技术，他能够准确地掌握病情，从根本上解决患者疾病问题。第二，注重中西医结合。他认为，中西医学各有其优点，二者的结合在某些疾病治疗方面具有更显著的疗效。在他的诊疗过程中，经常会采用中西医结合的方法，给患者带来了很大的希望和信心。第三，善于针灸。针灸作为中医治疗的重要手段之一，在他的治疗过程中得到了充分的应用。他擅长于利用针刺的力量，根据患者不同的身体状况，从而调理气血运行，达到治疗疾病的目的。第四，廉洁自律。他是一位真正的尊重职业操守，严格遵守职业准则的中医师。他坚持廉洁自律，在治疗患者时不接受任何贿赂，不以病人财产为私有，真正以医德医风为根本，赢得了众多患者的信赖和认可。

工作四十年来，杨恩来发表学术论文有二十余篇，科研课题八项，著作十七部。退体后赴全国多地参于中医馆建设，本着“谨遵医德，精研医术，多年来走访了河南、武汉、广洲、南昌、珠海、深圳、香港、澳门、南京、杭州等地与同业者学习交流，无论医院发展或是中医馆建设；无论授课培训或是临床带教实是受益非浅，熟悉他的人给他总结了以下特点与特长：“为人诚实，办事灵活，技术精湛，好问求学”。